Week41:甘蓝泛基因组中预测的抗性基因丰度的变化

文献解读

Title： Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapangenome

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摘要：

甘蓝（Brassica oleraceais）是一种重要的农业物种，包括许多蔬菜作物，包括卷心菜，花椰菜，西兰花和羽衣甘蓝;然而，它可能容易受到各种各样的真菌疾病，如根茎，黑胫病，叶斑病和霜霉病。对疾病的抗性由特异性抗病基因类似物（RGA）以决定，在这里，研究者对甘泛基因组中中RGA候选基因的比较分析。他们证明RGA候选基因的PAV特性有所差异。甘蓝中SNP和存在/缺失变异等不同的机制驱动RGA多样性。研究者鉴定了59个与候贺菌，根茎和枯萎病抗性QTL相关的候选物，这些发现对甘蓝的作物育种有重要的影响。

这篇文章的思路蛮好的，虽然本质上也是基因家族的研究，但其设计的研究内容与一般的基因家族的文章有所不同。没有涉及到任何湿实验，但文章IF还不错。值得感兴趣的朋友学习。

文章思路

1. 泛基因中RGA抗病基因类似物候选基因的鉴定
2. RGA抗性基因物理集群的分布
3. RGA抗性基因基于序列相似度的集群
4. RGA抗性基因与TE的联系
5. RGA抗性基因SNP的分析
6. PAV与SNP之间的关联
7. 将RGA与已知道的QTL相关联 （这里相当于一个表型的关联，是文章能上5分的 关键）

文章没有设计过多的一般的基因家族套路分析，扬长避短选择自己比较熟悉的PAV和SNP进行分析，然后还加入了与之相关一些分析例如与TE之间的联系等。当然如果你想模仿这篇文章，由于文中涉及到不少泛基因组的知识，你的作物必须有一个泛基因组，加上你必须对改泛基因有一定的了解才能进行模仿。

具体内容就不进行解读，因为生物学意义的亮点不多，不过总体思路对于对泛基因组或者基因组的基因发掘是很值得参考的。