Week30:土豆HSP20基因家族

文献解读

基因家族挖掘是比较火的一些领域，简单分析解读一下其常规的套路。

**Ttile:**Genome-wide analysis of the potatoHsp20gene family: identification, genomic organization and expression profiles in response to heat stress

结果和常规分析内容

1、寻找Hsp20基因家族成员
通过HMM搜索然后确定包含ACD domain的序列，并且分子量在15–42kDa范围之内，鉴定到48个马铃薯Hsp20基因家族成员。

2. 使用进化树展现Hsp20基因家族成员之间的关系

分析了Hsp20基因家族成员在进化上的关系，构建进化树时添加了水稻、大豆、水稻、杨树的Hsp20基因并且将StHsp20-29去掉（与其他序列的差异太大），进化树分成了12个亚族。

3. 具体Hsp基因家族结构的分析
Hsp20 基因结构，将基因结构与进化树及motif汇整了一张图片

4.Hsp基因家族在染色体上的定位

绘制基因在染色体的位置图，有的基因在染色体组成了基因簇。

5、与胁迫相关的启动子区域顺式作用元件预测

利用在线工具（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件，发现StHsp20s除StHsp20-41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件

6.转录组中基因的表达

利用转录组数据对Hsp20基因家族成员进行表达分析，除了StHsp20-2和StHsp20-45之外的基因在各种组织和器官中均有表达。

7、利用RT-PCR分析StHsp20基因在热、盐及干旱胁迫条件下的表达

14个Hsp20基因（StHsp20-4,6,7,9,20,21,33,34,35,37,41,43,44和46）在热应激的相对表达水平显着上调（超过100倍）。