Week-31:水稻辐照诱导突变体的全基因组变异分析

文献解读

Title: Genome-wide analysis of radiation-induced mutations in rice

背景

遗传变异是生物体内遗传物质发生变化而造成的一种可以遗传给后代的变异，正是这种变异导致生物在不同水平上体现出遗传多样性。遗传多样性是人类社会生存和发展物质基础。

基因组的遗传多样性变异存在多种方式，包括SNP，INDEL，SV,CNV，PAV和转座子变异等内容。

物理辐照已经有效用于水稻种质资源的创新。然而，通过辐照诱变突发的分子机制仍不清楚。该文章主要阐述利用全基因组重测序技术全面揭示辐照诱导的水稻突变情况。

结果

1.Red-1全基因组的变异检测

与参考基因组相比，诱导系Red-1有9.19%的基因序列发生了变异，发现了381,40
个SNPs，50,116个inDels,1279CNVS,10026PAVs。点突变SNP是主要的变异类型

2.SNPs,INdels,SVs三周类型的分析

SNPs位于8724个基因中，INDELs位于6271个基因中，SVs位于5016个基因中，这些突变分布于不同的区域中，大部分射界激酶结构域，亮氨酸重复序列结构域或植物细胞色素结构域。

3.突变基因功能分析
GO annotation表明，与细胞组分，结合功能，催化活性，代谢过程的基因容易被射线诱变。有8个突变基因参与了youy有益成分和色素的合成代谢。

结论

全基因检测为研究辐射引起的富含有益成分的潜在分子机制提供了新的思路。