清华大学-FIB实验室

安装Anaconda

1、下载Anaconda 安装脚本

#wget下载 Anaconda 安装脚本
root@7a927d2dc743:~# wget -P ./ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
#检查包的完整性
root@7a927d2dc743:~# sha256sum Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh 
2b9f088b2022edb474915d9f69a803d6449d5fdb4c303041f60ac4aefcc208bb  Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh

2、 安装Anaconda

#运行脚本启动安装进程
root@7a927d2dc743:~# sh Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh 
#你应该能看到下面的输出：
Welcome to Anaconda3 2020.02
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>> 
#按ENTER继续。往下滑动阅读协议，使用ENTER按键。一旦你看完协议，你将会被询问是否接受协议条款：
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes
输入yes接受协议，并且你会被提示选择安装路径：
Anaconda3 will now be installed into this location:
/root/anaconda3         #这里是默认路径
- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below
[/root/anaconda3] >>> /usr/local/anaconda3    #可以在这里自定义新的的安装路径
#安装过程将会花费一些时间，并且一旦完成，脚本将会问你是否想要运行conda init。输入yes。
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes
#这将会将命令行工具conda添加到系统的PATH环境变量中。
#想要激活 Anaconda，你可以关闭并且重新打开你的 shell 或者在当前 shell 会话中输入下面的命令，来重新加载PATH环境变量：
root@7a927d2dc743:~# source ~/.bashrc
#查看安装的版本
(base) root@7a927d2dc743:~# conda -V
conda 4.8.2

3、 添加清华源

#添加清华源
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/

#查看添加的清华源
(base) root@7a927d2dc743:~# conda config --show-sources
==> /root/.condarc <==
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults

这里有一点就是，如果添加源之后发现还是搜索的默认源，可以将- defaults这一行删除就可以了。

4、 Anaconda基础命令使用

#conda命令帮助
(base) root@7a927d2dc743:/# conda --help
(base) root@7a927d2dc743:/# conda --h
#查询某个命令的使用（--help均可以换成--h）
(base) root@7a927d2dc743:/# conda update --help
#查看环境管理的全部帮助命令
(base) root@7a927d2dc743:/# conda env -h

#创建一个基础环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda create --name test
#创建制定python版本的环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda create --name python-3.7 python=3.7
#创建指定python版本包含某些包的环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda create --name python-3.8 python=3.8 numpy scipy

#列举当前所有环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /usr/local/anaconda3
python-3.7               /usr/local/anaconda3/envs/python-3.7
python-3.8               /usr/local/anaconda3/envs/python-3.8
test                     /usr/local/anaconda3/envs/test
(base) root@7a927d2dc743:/# 
(base) root@7a927d2dc743:/# conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /usr/local/anaconda3
python-3.7               /usr/local/anaconda3/envs/python-3.7
python-3.8               /usr/local/anaconda3/envs/python-3.8
test                     /usr/local/anaconda3/envs/test

#进入一个环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda activate test
(test) root@7a927d2dc743:/# 
#退出当前环境（这里会退到上个环境）
(test) root@7a927d2dc743:/# conda deactivate
(base) root@7a927d2dc743:/# 

#复制某个环境为新环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda create --name test-2 --clone test
#公式
conda create --name new_your_env_name --clone old_your_env_name

#删除某个环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda remove --name test-2 --all

5、 安装常用软件命令

注意：请只用conda创建和管理环境，里面一切包用pip安装！！

#安装常用命令
(base) root@7a927d2dc743:/# pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple ipython pandas pillow matplotlib setproctitle networkx scikit-learn scipy tqdm GPUtil jupyterlab notebook h5py statsmodels

6、 包管理

#列举当前环境下所有包
(base) root@7a927d2dc743:/# conda list
#列举另外一个不活跃环境下所有包
(base) root@7a927d2dc743:/# conda list -n python-3.7
#为指定环境安装一个指定的包
(base) root@7a927d2dc743:/# conda install -n python-3.7 scipy
#检查刚安装的包
(base) root@7a927d2dc743:/# conda list -n python-3.7|grep scipy
scipy                     1.7.3            py37hf2a6cf1_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

7、环境隔离性验证

#python3.7环境
(base) root@7a927d2dc743:/# conda activate python-3.7
(python-3.7) root@7a927d2dc743:/# python
python             python3            python3-config     python3.7          python3.7-config   python3.7m         python3.7m-config
#python3.8环境（多了python3.8与python3.8-config）
(python-3.7) root@7a927d2dc743:/# conda activate python-3.8
(python-3.8) root@7a927d2dc743:/# python
python             python3-config     python3.7-config   python3.7m-config  python3.8-config   
python3            python3.7          python3.7m         python3.8